Una vez adquirida la madurez baloncestística, Nowitzki comenzó a hacer de los Mavericks un equipo asiduo a los playoffs (una racha de once participaciones consecutivas) y un contender al título. Pero parecía que nunca llegaba a la lucha por las Finales, hasta que Avery Johnson tomó las riendas del equipo. Llevó a los Mavs a las Finales ante los Heat de Wade y Shaquille y se pusieron con un 2-0 favorable. Pero en el tercer partido desperdiciaron una ventaja de 13 puntos para acabar perdiendo las Finales por 4-2 en una exhibición constante de Wade.

Así comenzaba la leyenda negra de Nowitzki, que al año que viene y sin que le influyese la derrota llevó a los Mavs a la mejor temporada de su historia y a ser el mejor equipo de la liga, un balance de 67-15 así lo atestiguaba. Se llevó el MVP de la temporada que lo atestiguaba como el mejor jugador del momento en la NBA, pero en la que podía ser su temporada fue finalmente su pesadilla. Los Mavs cayeron en primera ronda ante los Warrirors de Baron Davis y Jason Richardson, entrenados por Don Nelson, siendo así el primer equipo que siendo octavo clasificado derrotaba a un primero en una serie a siete partidos.

Esa derrota sepultó toda la carrera de Nowitzki, recibió el premio de MVP de la temporada cuando ya estaba fuera de la lucha por el título y se comenzó a dudar de su liderazgo. Los siguientes años fueron años deambulando por la liga, con buenos número del alemán pero malos en lo colectivo donde ya nadie confiaba en los Dallas Mavericks. Y así se llegó a los playoffs del 2011. Cuban había formado una escuadra con grandes jugadores veteranos pero sedientos de un anillo en sus carreras como Shawn Marion o Jason Kidd y los unió a los Jason Terry y Nowitzki para poder traer el primer anillo a la franquicia tejana. Le dio las riendas del equipo a todo un experto como Rick Carlisle y el resto fue historia.